Dụng cụ được bôi trơn và được đặt vào hậu môn từ từ trong khi bệnh nhân rặn làm mở cơ vòng giúp đưa ống soi vào dễ dàng hơn. Hậu môn và ống hậu môn được quan sát toàn bộ theo vòng tròn, từ ngoài vào trong: da có nứt hậu môn không? Tổn thương này 80% ở mặt sau và ngày đường giữa với hình ảnh mảnh da thừa ở mép da niêm, vết loét có hình truyền và nhú phì đại ở đầu trong vết loét sát đường lược.
- Nếu nứt hậu môn nằm lệch một bên và dau hậu môn phần nề hay có áp xe thì cần lưu ý bệnh Crohn, lao, giang mai hay ung thư, cần làm sinh thiết qua nội soi.
-Trĩ nhất thiết phải được chuẩn đoán bằng nội soi hậu môn trực tràng. Thường có 3 búi trĩ: phải sau, phải trước và trái bên. Dựa vào đường lược để định danh và phân độ trĩ. Búi trĩ thường sa vào lòng ống soi, nhất là khi bệnh nhân dặn.
- Nếu có lỗ rò mủ ở da cạnh hậu môn thì đó là lỗ rò ngoài còn lỗ rò trong nằm trên đường lượt theo định luật Goodshall mà qua nội soi hiếm khi thấy được dưới dạng một nốt niêm mạc viêm sượng, mất vẻ trơn láng bình thường.
- Các tổn thương khác nhau như ung thư dạng biểu bì, melanoma và bệnh hoa liễu ở vùng hậu môn thường có triệu chứng phân máu đỏ nên rất dễ nhầm lẫn với bệnh trĩ, cần phải làm sinh thiết qua nội soi để chuẩn đoán xác định hay loại trừ. Chú ý là việc sinh thiết vùng này rất dễ gây chảy máu không tự cầm.